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    ISSN: 0887-3585
    Keywords: X-ray crystallography ; pAR5 mutant ; allosteric enzyme ; ligand-induced negative cooperativity ; alternative amino acid conformations ; coordinate error ; Chemistry ; Biochemistry and Biotechnology
    Source: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Topics: Medicine
    Notes: The X-ray crystal structure of CTP-ligated T state aspartate transcarbamoylase has been refined to an R factor of 0.182 at 2.5 Å resolution using the computer program X-PLOR. The structure contains 81 sites for solvent and has rms deviations from ideality in bond lengths and bond angles of 0.018 Å and 3.722°, respectively. The cytosine base of CTP interacts with the main chain carbonyl oxygens of rTyr-89 and rIle-12, the main chain NH of rIle-12, and the amino group of rLys-60. The ribose hydroxyls form polar contacts with the amino group of rLys-60, a carboxylate oxygen of rAsp-19, and the main chain carbonyl oxygen of rVal-9. The phosphate oxygens of CTP interact with the amino group of rLys-94, the hydroxyl of rThr-82, and an imidazole nitrogen of rHis-20. Recent mutagenesis experiments evaluated in parallel with the structure reported here indicate that alterations in the hydrogen bonding environment of the side chain of rAsn-111 may be responsible for the homotropic behavior of the pAR5 mutant of ATCase. The location of the first seven residues of the regulatory chain has been identified for the first time in a refined ATCase crystal structure, and the proximity of this portion of the regulatory chain to the allosteric site suggests a potential role for these residues in nucleotide binding to the enzyme. Finally, a series of amino acid side chain rearrangements leading from the R1 CTP allosteric to the R6 CTP allosteric site has been identified which may constitute the molecular mechanism of distinct CTP binding sites on ATCase. © 1993 Wiley-Liss, Inc.
    Additional Material: 16 Ill.
    Type of Medium: Electronic Resource
    Library Location Call Number Volume/Issue/Year Availability
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    Electronic Resource
    Electronic Resource
    Weinheim : Wiley-Blackwell
    Zeitschrift für die chemische Industrie 108 (1996), S. 2158-2191 
    ISSN: 0044-8249
    Keywords: Enzymkatalyse ; Metallohydrolasen ; Katalyse ; Chemistry ; General Chemistry
    Source: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Notes: Sowohl bei enzymatischen als auch bei nichtenzymatischen Katalysen sind zahlreiche Untersuchungen durchgeführt worden, um zu verstehen, wie Metallionen - besonders Zinkionen - die Hydrolyse von Phosphorsäureester- und Amidbindungen unterstützen. Hydrolasen mit einem Metallion im aktiven Zentrum, sogenannte mononucleare Metallohydrolasen, z. B. die Carboxypeptidase A oder Thermolysin, zählen zu den ersten Enzymen, deren Strukturen röntgenographisch aufgeklärt werden konnten. In den letzten Jahren wurden zunehmend mehr Metalloenzyme charakterisiert, in denen zwei oder mehrere benachbarte Metallionen die Katalyse von Phosphoryl- (ROPO3 + R′OH → R′OPO3 + ROH; im Fall der Phosphatasereaktion ist R′-OH ein Wassermolekül) und von Carbonyltransferreaktionen unterstützen, z. B. in Peptidasen und anderen Amidasen. Diese dinuclearen Metalloenzyme katalysieren enorm viele Reaktionen dieser Art: die hydrolytische Spaltung von Phosphorsäuremono-, di- und triesterbindungen, von Phosphorsäureanhydridbindungen sowie die Spaltung von Peptidbindungen oder Harnstoff. Auch die Bildung der Phosphodiesterbindung in RNA und DNA wird von Polymerasen über einen Zwei-Metallionen-Mechanismus katalysiert. Erstaunlich vielfältig sind auch die Strukturen der aktiven Zentren dieser di- oder trinuclearen Metalloenzyme, selbst für Enzyme, die sehr ähnliche Reaktionen katalysieren. Die Strukturbestimmung des aktiven und inaktivierten Enzyms mit gebundenem Substrat oder Produkt, einem stabilen Intermediat oder einem Analogon einer sich im Verlauf der Reaktion bildenden Zwischenstufe ist eine leistungsstarke Methode zur Aufklärung der mechanistischen Details der Enzymkatalyse. Strukturbestimmungen sind für viele der in diesem Artikel beschriebenen Metalloenzyme durchgeführt worden und liefern zusammen mit anderen biochemischen Untersuchungen einen immer besseren Einblick in die Fragestellung, wie die zwei (oder mehr) Metallionen zusammenwirken, um die Reaktionen effizient zu katalysieren.
    Additional Material: 34 Ill.
    Type of Medium: Electronic Resource
    Library Location Call Number Volume/Issue/Year Availability
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