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  • Computational Chemistry and Molecular Modeling  (6)
  • AMS(MOS) 65N20  (2)
  • 1
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    Springer
    Computing 45 (1990), S. 217-234 
    ISSN: 1436-5057
    Schlagwort(e): AMS(MOS) 65N20 ; 65F10 ; CR: G.1.3, G.1.8 ; Domain decomposition method ; iterative solvers ; finite element equations
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Informatik
    Beschreibung / Inhaltsverzeichnis: Zusammenfassung Eine Strategie zum Einsatz des Verfahrens der konjugierten Gradienten mit Vorkonditionierung für Multiprozessorsysteme der ‘message passing’-Architektur wird beschrieben. Zur Vorkonditionierung werden die Techniken Schur-Komplement-Vorkonditionierung für “Koppelränder” zwischen Teilgebieten und beliebige Wahl einer klassischen Vorkonditionierung für die inneren Freiheitsgrade der Teilgebiete diskutiert. Der gesamte Arithmetikaufwand für die einzelnen Teilgebiete ist vollständig parallelisiert durch die Verteilung aller Teilgebietsdaten über das Prozessornetzwerk vor dem Beginn des FEM-Lösungsprozesses (incl. Generieren der Elementmatrizen, Assemblieren der Teilsteifigkeitsmatrix). Die resultierende spektrale Konditionszahl der wirkenden Vorkonditionierungsmatrix wird abgeschätzt. Für ein wichtiges Beispiel (MIC(0)*-Vorkonditionierung in jedem Teilgebiet) ergibt sich die Konditionszahl im wesentlichen als Produkt der beiden Konditionszahlen der benutzten Vorkonditionierungstechniken.
    Notizen: Abstract We describe a preconditioned conjugate gradient solution strategy for a multiprocessor system with message passing architecture. The preconditioner combines two techniques, a Schurcomplement preconditioning over “coupling boundaries” between the subdomains and an arbitrary choice of classic preconditioning for the inner degrees of freedom on each subdomain. All computational work on the single subdomains is carried out in parallel by distributing the subdomain data over the processor network before starting the finite element solution process (including generating the element matrices and assemblying the local subdomain stiffness matrix). The resulting spectral condition number of the entire preconditioner is estimated. For the important example of choosing MIC(0)-*-preconditioning on the subdomains, the condition number obtained is essentially the product of the two condition numbers involved.
    Materialart: Digitale Medien
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  • 2
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    Springer
    Computing 47 (1991), S. 137-151 
    ISSN: 1436-5057
    Schlagwort(e): AMS(MOS) 65N20 ; 65F10 ; 68A20 ; CR: G.1.3 ; G.1.8 ; Elliptic problems ; finite elements ; substructuring ; domain decomposition ; preconditioners ; parallel algorithms
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Informatik
    Beschreibung / Inhaltsverzeichnis: Zusammenfassung In der vorliegenden Arbeit wird ein neuer Zugang zur Konstruktion von Vorkonditionierungsoperatoren auf der Basis von Gebietsdekompositionstechniken (DD Techniken) beschrieben. Anwendungen finden diese DD Vorkonditionierungen im Verfahren der konjugierten Gradienten zur iterativen Lösung von symmetrischen und positiv definiten Finiten-Elemente Gleichungen. Die DD Technik basiert auf einer Zerlegung des Gebietes Ω inp sich nicht überlappende Teilgebiete, die später denp Prozessoren eines MIMD Rechners zugeordnet sind. Die DD Vorkonditionierung enthält drei Blockmatrizen, die für ein konkretes Anwendungsproblem jeweils zu spezifizieren sind. Eine dieser Matrizen wird genutzt, um die Knotenbasis in eine näherungsweise diskret harmonische Basis zu transformieren. Die anderen beiden Matrizen können als Blockvorkonditionierungen für die in jedem Teilgebiet entstehenden Dirichlet-Probleme und für ein modifiziertes Schurkomplement auf den Knoten der Koppelränder zwischen den Teilgebieten interpretiert werden. Die relative spektrale Konditionszahl wird abgeschätzt. Eine direkte Verbindung der vorgeschlagenen DD Vorkonditionierung zu einer Additiven Schwarzschen Methode kann gezeigt werden. Im zweiten Teil dieser Artikelserie werden die Resultate dieser Arbeit auf ebene, symmetrische Randwertprobleme für partielle Differentialgleichungen zweiter Ordnung angewandt und die numerischen Resultate, die auf einem Transputer-Hypercube erzeugt wurden, diskutiert.
    Notizen: Abstract We present a new approach to the construction of Domain Decomposition (DD) preconditioners for the conjugate gradient method applied to the solution of symmetric and positive definite finite element equations. The DD technique is based on a non-overlapping decomposition of the domain Ω intop subdomains connected later with thep processors of a MIMD computer. The DD preconditioner derived contains three block matrices which must be specified for the specific problem considered. One of the matrices is used for the transformation of the nodal finite element basis into the approximate discrete harmonic basis. The other two matrices are block preconditioners for the Dirichlet problems arising on the subdomains and for a modified Schur complement defined over all nodes on the coupling boundaries between the subdomains. The relative spectral condition number is estimated. Relations to the additive Schwarz method are discussed. In the second part of this paper, we will apply the results of this paper to two-dimensional, symmetric, second-order, elliptic boundary value problems and present numerical results performed on a transputer-network.
    Materialart: Digitale Medien
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  • 3
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    New York, NY [u.a.] : Wiley-Blackwell
    Journal of Computational Chemistry 9 (1988), S. 18-24 
    ISSN: 0192-8651
    Schlagwort(e): Computational Chemistry and Molecular Modeling ; Biochemistry
    Quelle: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie , Informatik
    Notizen: This article examines the numerical estimation of molecular surface areas within the model of overlapping atomic spheres. One has the choice of either basing the estimate on all elements that contribute to the surface, or of ignoring systematically some elements in the interatomic clefts. It is argued that the second choice, even though more approximate, implicitly improves on the model and is to be preferred. Since surface areas are not measurable, the demonstration is unavoidably roundabout, relying mostly on correlation analysis. Among the regressors occur two compounded parameters. One, ratio of the surface area of the equivalent sphere to the surface area, is interpreted as a measure of molecular globularity. It reflects the molecular axis-ratio and surface convolution. The other, ratio of the surface area to the volume, is interpreted as a measure of the global congestion of a chemical residue. Together with a measure of the local congestion at the point of attachment, it affects the steric hindrance that a residue offers. The relation between the surface area and the number of valence electrons is also discussed.
    Zusätzliches Material: 4 Ill.
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  • 4
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    New York, NY [u.a.] : Wiley-Blackwell
    Journal of Computational Chemistry 5 (1984), S. 299-306 
    ISSN: 0192-8651
    Schlagwort(e): Computational Chemistry and Molecular Modeling ; Biochemistry
    Quelle: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie , Informatik
    Notizen: Molecular mechanical calculations for hetero-substituted hydrocarbons present certain difficulties that are not encountered in dealing with hydrocarbons. Ways are proposed to overcome such difficulties, sometimes by two-step or iterative computation. The following topics are considered: fitting the force field by using data from studies in solution; ways to estimate atomic charges or, alternatively, bond moments; ways to account for field effects upon atomic charges and bond moments.
    Zusätzliches Material: 6 Ill.
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  • 5
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    New York, NY [u.a.] : Wiley-Blackwell
    Journal of Computational Chemistry 2 (1981), S. 384-391 
    ISSN: 0192-8651
    Schlagwort(e): Computational Chemistry and Molecular Modeling ; Biochemistry
    Quelle: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie , Informatik
    Notizen: With a view of using data on solutions and liquids for parameter fitting in molecular mechanical force fields, Abraham's theory of solvation is incorporated in the force field procedure. Geometries and bond moments are estimated internally, partial account being taken of bond-bond induction, and used to calculate the intramolecular electrostatic energy, dipole moment, and the dipole and quadrupole terms in the solvation energy. Three dielectric constants are used, one for the solute in the vapor, one for the solution, and one for the intramolecular space through which dipole-dipole interactions take place. Examples are given, including such where computation differs with measurement, to illustrate the performance of the scheme.
    Zusätzliches Material: 5 Tab.
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  • 6
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    New York, NY [u.a.] : Wiley-Blackwell
    Journal of Computational Chemistry 7 (1986), S. 144-152 
    ISSN: 0192-8651
    Schlagwort(e): Computational Chemistry and Molecular Modeling ; Biochemistry
    Quelle: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie , Informatik
    Notizen: A nonanalytical procedure is proposed to calculate the surface area and cross-sectional areas of molecules. Results are reviewed for about 70 species comprising alkanes, acyclic and cyclic, alkyl halides, and alcohols. By regression analysis, relationships are detected between surface areas or segment areas and physical properties. Computed cross-sectional areas are confronted with adsorption values. Four ways are proposed to define quantitatively the intuitive notion of «molecular globularity».
    Zusätzliches Material: 3 Ill.
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  • 7
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    New York, NY [u.a.] : Wiley-Blackwell
    Journal of Computational Chemistry 1 (1980), S. 111-117 
    ISSN: 0192-8651
    Schlagwort(e): Computational Chemistry and Molecular Modeling ; Biochemistry
    Quelle: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie , Informatik
    Notizen: A molecular mechanical force field for fluorinated ethylenes and propylenes is described. The field computes geometries, dipole moments, and energy differences between isomers and rotamers. Component analysis indicates that “classical” strains alone (skeletal, nonbonded, electrostatic) cannot account for energy relationships. The discussion is supplemented by a semiempirical quantum chemical comparison of cis- and trans-FCH=CHF and of gauche- and anti-FCH2CH2F.
    Zusätzliches Material: 4 Tab.
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  • 8
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    Digitale Medien
    New York, NY [u.a.] : Wiley-Blackwell
    Journal of Computational Chemistry 6 (1985), S. 1-4 
    ISSN: 0192-8651
    Schlagwort(e): Computational Chemistry and Molecular Modeling ; Biochemistry
    Quelle: Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie , Informatik
    Notizen: It is noticed that inclusion of an electrostatic term in the molecular-mechanical treatment of hydrocarbons would compel the nonbonding parameters of different force fields to become more alike than they are at present. Apart from removing the discontinuity in passing from the calculation of an unfunctionalized parent compound to the calculation of its functionalized derivatives, it is expected that the inclusion would improve results for the hydrocarbons themselves.
    Zusätzliches Material: 2 Ill.
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